Avant-propos
Table des matières
Remerciements
Quelques espèces de référence
Arabidopsis thaliana
Medicago truncatula
Oriza sativa
Populus trichocarpa
Triticum sp
Vitis vinifera
Zea maïs
Fil rouge : biosynthèse des anthocyanes
Généralités
Structure des anthocyanes
Voie de biosynthèse
Gènes
I. LES GÉNOMES VÉGÉTAUX
1. Génomes cytoplasmiques
Génome plastidial
Généralités
Structure de l'ADN chloroplastique
Expression des gènes chloroplastiques
Génome mitochondrial
Généralités
Taille et évolution
Organisation
Expression des gènes mitochondriaux
2. Génome nucléaire
Organisation du génome
Structure des chromosomes
Notion de ploïdie
Du chromosome au nucléosome
Notion d'hétérochromatine et d'euchromatine
Unité de base de la chromatine
Caractéristiques du génome nucléaire
Taille du génome nucléaire
Nombre de gènes
Organisation des séquences nucléiques d’un génome
Séquences répétées en tandem
Séquences répétées dispersées
3. Éléments mobiles
Deux grandes classes d’éléments mobiles
Les transposons
Caractéristiques
Les éléments Ac et Ds
éléments En/I ou Spm/dSpm
Les rétrotransposons
Rétrotransposons à LTR
Rétrotransposons sans LTR
4. Régulation génique
Régulation transcriptionnelle
Séquences régulatrices en cis de l’unité transcriptionnelle
Facteurs de transcription
Méthylation de l’ADN
Code des histones
Régulation post-transcriptionnelle
Historique de la PTGS
Mécanisme et acteurs de la PTGS
Rôle de l’interférence par l’ARN
Régulation par les microARN
Une troisième classe de petits ARN, les ta-siARN
TGS et PTGS, deux mondes assez proches
II. OUTILS DE LA GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE VÉGÉTALE
5. Transgenèse végétale
Transgenèse naturelle par conjugaison interspécifique
Agrobacterium, une bactérie phytopathogène
Structure du plasmide Ti
Mécanisme moléculaire du transfert génétique
Analogies avec la conjugaison bactérienne
Modalités de la transgenèse expérimentale
Constructions
Transformation via Agrobacterium tumefaciens
Transformation par transfert direct
Transformation de l’ADN chloroplastique
Variabilité des niveaux d’expression entre plantes transgéniques
6. Mutagenèse
Mutations et mutants
Quelques rappels
Différents types de mutations
Caractérisation d’un mutant
Mutagenèse et génétique classique
Mutagenèse chimique
Mutagenèse physique
Mutagenèse insertionnelle
Collections de mutants d’insertion
Méthode du Tilling
Mutagenèse et génétique inverse
Inactivation génique ciblée
Inactivation par l’interférence par l’ARN
Inactivation par l’intermédiaire de virus
7. Cartographie moléculaire
Marqueurs génétiques moléculaires
Catégories de marqueurs génétiques moléculaires
Marqueurs RFLP, détectables par la technique de Southern
Marqueurs monolocus détectables par PCR
Marqueurs multilocus détectables par PCR
Marqueurs microsatellites
Cartes génétiques
Principe de l’analyse génétique chez les plantes
Types de populations
Principe de l’établissement des cartes génétiques avec des marqueurs moléculaires
Caractéristiques des cartes génétiques
Exemples de cartes génétiques
Cartes physiques
Principe de l’élaboration des cartes physiques
Banques génomiques
Criblage de banques et ordonnancement des clones
Utilisation de la cytogénétique en cartographie
Applications des cartes de marqueurs moléculaires
Analyse phylogénétique et synténie
Sélection assistée par marqueurs
Clonage positionnel
Caractérisation de QTL
Conclusion
Annexe 1. Notions de biologie végétale
Cycle biologique des plantes à fleur
La fleur
Gamétophyte femelle
Gamétophyte mâle
Double fécondation
Embryogenèse
Germination de la graine
Quelques particularités végétales
Spécificités cytologiques
Méristèmes des végétaux
Hormones végétales et facteurs environnementaux
Totipotence végétale
Autogamie et allogamie
Quelques spécificités des monocotylédones et des dicotylédones
Annexe 2. Mitose et méiose
Cycle cellulaire et mitose
Méiose
Annexe 3. Notions de génétique mendélienne
Lois de Mendel
Première Loi de Mendel
Deuxième loi de Mendel
Liaison génétique, recombinaison et distance génétique
Annexe 4. Expression des gènes eucaryotes
Éléments régulateurs en cis de l’unité transcriptionnelle
Relation séquence nucléique – séquence peptidique
Régulations post-traductionnelles
Références bibliographiques
Liste des abréviations
Index
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