Génétiquement indéterminé

Préface et remerciements - Isabelle Stengers et Pierre Sonigo

Introduction - Voir, concevoir : le vivant-machine en question -Sylvie Pouteau
La biologie en mutation
La machine vivante héritée de la physique
L’archétype et le modèle - Le phénomène et l’idée
L’ombre des idées préformées
Du variable à l’émergent
De nouveaux regards sur le vivant
Résonances et convergences
Références bibliographiques

Chapitre 1 - Du sens de la variabilité - Nissim Amzallag
La physique classique, une science du général
La variabilité est-elle forcément la trace d’un bruit indésirable ?
    Les postulats de la biométrie
    La confrontation avec l’observation
L’individualité, une réalité ignorée
    Les contresens de la moyenne
    La diversité émergente : expression d’un bruit ?
    Individualisation et adaptation
    L’origine de l’individuation
Le coefficient de variation, un paramètre biologique ?
    Variabiité adaptative, plasticité et canalisation
    Degré de redondance dans les régulations
    L’effet silencieux
    Effets directs et indirects
La connectance, une quantification des réseaux d’interaction
    L’approche quantitative de la régression
    Sens des valeurs faibles de r
    Plasticité développementale et relations inter-organes
    Connectance et héritabilité
L’émergence d’une nouvelle réalité
Pour un retour au choix épistémologique
Références bibliographiques

Chapitre 2 - Expression aléatoire des gènes au cours de la différenciation cellulaire - Andras Paldi
Des facteurs de régulation par milliers
Pas de libre circulation autour des gènes
Des molécules en perpétuel mouvement
Des repères épigénétiques
La différenciation : un processus de variation-sélection ?
Une marche aléatoire vers une différenciation ordonnée
Des modulations métaboliques
Le flux métabolique comme force structurante
Conclusion
Références bibliographiques

Chapitre 3 - Multistabilité et épigenèse dans les systèmes biologiques - Michel Laurent
L’exemple de l’opéron lactose
    Gènes on-off : une logique et une mécanique binaires
    Prigogine, ou l’opéron dissipatif
    L’effet de « maintenance » : l’expérience clé de Novick @ Weiner
    Un modèle simple
    États stationnaires multiples et hystérèse
    Delbrück, une pensée visionnaire quelque peu oubliée
Bistabilité dans la dynamique des maladies à prions
    Construction du modèle dynamique
    Analyse du modèle : états stationnaires et isoclines nulles
    Des transitions entre états stationnaires extrêmement lentes
    Transitions hystérétiques et transitions irréversibles
    Implications biologiques
La dynamique, un concept ubiquiste et universel
    Dynamiques moléculaires
    Échelle supra-moléculaire
Références bibliographiques

Chapitre 4 - Morphogenèse des structures arborisées et conditions physiques d’une croissance biologique auto-organisée - Vincent Fleury
Une petite introduction à l'histoire des formes
L'aspect matériel des formes
Les formes de croissance
La croissance du système vasculaire
La croissance des organes
La croissance par écoulement cellulaire
Conclusion
Références bibliographiques

Glossaire. Des concepts autour de quelques mots - Sylvie Pouteau

Liste des auteurs