Introduction : la vulnérabilité de l’agriculture face aux crises sanitaires
Christian Lannou
Émergences, invasions et crises sanitaires
La fabrique des émergences
Un système d’assurance qui ne tient plus
Réduire la vulnérabilité sanitaire des territoires agricoles
S’organiser face aux crises sanitaires
Références bibliographiques
Partie 1. Biologie de l’invasion
1. L’anthropocène : l’ère des invasions biologiques et des crises phytosanitaires
Jean-Claude Streito et Guillaume Fried
Les différentes étapes du processus d’invasion
Pourquoi certaines populations deviennent-elles invasives ?
Conséquences sur les patrons d’invasion et leur évolution
Conclusion
Références bibliographiques
2. Reconstruire les routes d’invasion biologique par des approches de génétique des populations
Arnaud Estoup et Éric Lombaert
Reconstruire les routes d’invasion pour aborder des questions appliquées et académiques
Des méthodes de reconstruction des routes d’invasion de plus en plus performantes
Illustrations au travers de l’étude de deux envahisseurs emblématiques
Que nous apprennent les routes d’invasion ?
Limites et perspectives
Conclusion
Références bibliographiques
3. Invasions et processus évolutifs
Benoit Facon, Ruth A. Hufbauer et Julien Foucaud
Le processus d’introduction : un facteur-clé du devenir évolutif des populations envahissantes
Invasions et changements adaptatifs : où, quand et comment ?
De l’étude de cas particuliers à la formalisation de scénarios d’invasion
Conclusion
Références bibliographiques
4. Climat et invasions biologiques
Jean-Pierre Rossi
Qu’est-ce que le climat ?
Le changement climatique
Climat et aires de distributions potentielles
Conclusion
Références bibliographiques
5. Les scolytes du genre Xylosandrus à la conquête de l’Europe
Teddy Urvois, Jean-Pierre Rossi, Charles Perrier, Alain Roques, Marie‑Anne Auger-Rozenberg et Carole Kerdelhué
Biologie des Xyleborini et risques d’invasion
Estimer l’aire de distribution potentielle sur la base des occurrences actuelles
Déterminer l’origine des populations invasives à l’aide de marqueurs moléculaires
Conclusion
Références bibliographiques
Partie 2. Détecter l’arrivée des envahisseurs et anticiper les prochains
6. Importance de la systématique pour anticiper et gérer les crises sanitaires
Jean-Yves Rasplus, Raphaëlle Mouttet et Astrid Cruaud
La taxonomie, science hypothético-déductive
La taxonomie, le parent pauvre des sciences de la vie
Les outils moléculaires de détection et d’identification et leur nécessaire validation par des taxonomistes
Les taxonomistes doivent maîtriser les outils moléculaires et morphologiques de dernière génération
La surveillance future nécessite que la systématique ait un futur
Conclusion
Références bibliographiques
7. Séquençage à haut débit pour la surveillance du territoire en santé des plantes
Astrid Cruaud et Jean-Yves Rasplus
De quels outils disposons-nous traditionnellement pour la surveillance du territoire ?
Que sont les technologies de séquençage à haut débit ?
Traitement bio-informatique des données et contrôles qualité
Les technologies de séquençage à haut débit : de la recherche à la surveillance du territoire
Conclusion
Références bibliographiques
8. Utilisation d’approches phylogénétiques pour mieux comprendre et prédire le potentiel invasif des espèces
Gael J. Kergoat, Christine N. Meynard, Guillaume Fried et Emmanuelle Jousselin
Vers une meilleure prise en compte de la diversité intraspécifique dans la prédiction du risque d’invasion
Reconstruire l’histoire des espèces et de leurs caractéristiques biologiques pour prédire les invasions
Intégration des phylogénies pour l’étude du potentiel invasif à l’échelle des communautés
Conclusion
Références bibliographiques
9. Anticiper les invasions et les détecter précocement
Alain Roques et Marie-Anne Auger-Rozenberg
Une détection très problématique des nouvelles arrivées
Les plantations sentinelles comme outil d’identification des envahisseurs potentiels
Le piégeage avec des attractifs à vocation générique pour une détection précoce des espèces envahissantes
Conclusion
Références bibliographiques
10. Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?
Jean-Claude Streito, Julien Papaix, Marguerite Chartois, Christophe Botella, Éric Pierre, Jean-Marc Armand, Jonathan Gaudin et Jean-Pierre Rossi
Utilisation des sciences participatives pour la surveillance des espèces exotiques envahissantes
Sciences participatives : des moyens humains et d’analyse importants
Spécificité de l’analyse des données
Limites et perspectives des sciences participatives
Conclusion
Références bibliographiques
Partie 3. Surveiller, analyser et anticiper
11. Les invasions biologiques à la lumière des modèles
Lionel Roques et Samuel Soubeyrand
Propagation spatiale
Effet Allee et événements d’introduction
Modèles épidémiques de type SIR
Invasions adaptatives
Conclusion
Références bibliographiques
12. Surveillance à l’échelle des territoires
Sylvain Poggi, Gaël Thébaud, Leyli Borner et Davide Martinetti
Surveiller pour prévenir l’introduction d’une espèce invasive dans un territoire
Surveiller pour prévoir et limiter l’expansion d’une espèce envahissante
Conclusion
Références bibliographiques
13. Des sentinelles sur les autoroutes aériennes d’agents phytopathogènes
Cindy E. Morris et Davide Martinetti
Une histoire déjà longue
Mécanismes impliqués dans la dissémination aérienne à longue distance
Modélisation de la DALD des agents phytopathogènes aéroportés
Surveillance des agents phytopathogènes fondée sur les trajectoires probables de dissémination aérienne
Conclusion
Références bibliographiques
14. Décrypter l’émergence de Xylella fastidiosa en Europe et surveiller son expansion
Marie-Agnès Jacques, Samuel Soubeyrand et Enora Dupas
Comment une faiblesse biologique peut être une force épidémiologique
Xylella fastidiosa : une espèce génétiquement diverse et une gamme d’hôtes démesurément grande
Une origine américaine pour Xylella fastidiosa
Agrandissement de l’aire de distribution via des introductions multiples
Réglementation européenne et mesures de surveillance
Évaluation du risque d’expansion de Xylella fastidiosa en Europe
Impact économique des maladies dues à Xylella fastidiosa
Conclusion
Références bibliographiques
Partie 4. S’organiser contre les crises sanitaires
15. L’économie des invasions biologiques : vers une hiérarchisation des stratégies de gestion
Pierre Courtois, Charles Figuières, César Martinez, Gaël Thébaud et Alban Thomas
Les coûts des invasions et des stratégies de gestion
Analyses coût-bénéfice et coût-efficacité
Quatre principaux arbitrages
Des outils de décision pour hiérarchiser les choix de gestion
Les enjeux de la gestion privée : inefficacité et coordination
Conclusion
Références bibliographiques
16. Un cadre réglementaire pour commercer librement tout en maîtrisant les introductions d’envahisseurs
David Caffier
Un cadre réglementaire international pour limiter les risques d’introduction d’envahisseurs
Organismes nuisibles, végétaux et autres produits à réglementer
Les principales mesures en place pour lutter contre les foyers d’organismes réglementés
D’autres réglementations pour maîtriser les invasions biologiques
Conclusion
Références bibliographiques
17. La surveillance active des menaces phytosanitaires émergentes : le défi de la mise en œuvre opérationnelle
Lucie Michel, Marie Grosdidier, Ismaël Houillon et Virginie Ravigné
Définir les menaces
Définir une stratégie d’échantillonnage
Mettre en place une organisation efficace
Gérer et exploiter les données
Conclusion
Références bibliographiques
18. La prophylaxie pour gérer les crises sanitaires lorsqu’elles s’installent : vivre avec la flavescence dorée de la vigne
Sylvie Malembic-Maher, Xavier Foissac, Fiona Panziera et Marc Barbier
Émergence et installation de la flavescence dorée en Europe
Panorama sur la gestion de la flavescence dorée à l’échelle européenne
Fortes spécificités régionales des dispositifs d’épidémiosurveillance de la flavescence dorée en France
Approches d’expérimentations collectives et multidisciplinaires pour le « vivre avec »
De la gestion collective à la fabrique du consensus
Conclusion
Références bibliographiques
19. Collaboration internationale contre les crises phytosanitaires : de la recherche aux normes
Baldissera Giovani, Sarah Brunel, Roger Day, Françoise Petter et Muriel Suffert
La coordination des activités de recherche en appui à la réglementation et aux activités de terrain
Renforcer les systèmes d’alerte et d’intervention contre les organismes nuisibles
Vers un réseau de laboratoires de diagnostic pour appuyer les pays dans l’identification des organismes nuisibles
Développer les compétences nationales par des collaborations internationales
Conclusion
Références bibliographiques
Conclusion générale
Glossaire
Liste des auteurs
