Quae
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Savoir faire
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Crises sanitaires en agriculture
Les espèces invasives sous surveillance
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A2284
Christian Lannou
Lannou, Christian
Christian
Lannou
<p><font face="Arial"><span style="font-size: 16px;">Christian Lannou, épidémiologiste dans le domaine de la santé des cultures, est directeur de recherche et a été responsable du département Santé des plantes et environnement d’INRAE.</span></font><br></p>
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B15
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A1524
Jean-Yves Rasplus
Rasplus, Jean-Yves
Jean-Yves
Rasplus
Jean-Yves Rasplus, entomologiste, biologiste des populations, phylogénéticien et systématicien, est directeur de recherche à INRAE au Centre de biologie pour la gestion des populations
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B15
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A2503
Samuel Soubeyrand
Soubeyrand, Samuel
Samuel
Soubeyrand
<p>Samuel Soubeyrand, biostatisticien, est directeur de recherche de l’unité Biostatistique et processus spatiaux à INRAE et chef adjoint du département Santé des plantes et environnement<br></p>
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Mathieu Gautier
Gautier, Mathieu
Mathieu
Gautier
<p>Mathieu Gautier, chercheur en génomique statistique et évolutive des populations, est directeur de recherche à INRAE au Centre de biologie pour la gestion des populations.<br></p>
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Jean-Pierre Rossi
Rossi, Jean-Pierre
Jean-Pierre
Rossi
<p>Jean-Pierre Rossi, écologue, est directeur de recherche à INRAE au Centre de biologie pour la gestion des populations.<br></p>
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Milieux naturels et environnement
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Sciences de la vie et de la terre
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Eaux continentales;Biodiversité, flores et faunes
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Milieux naturels et environnement|Eaux continentales;Biodiversité, flores et faunes
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Agriculture et productions végétales|Agronomie et systèmes de culture;Variétés et amélioration;Santé des plantes;Ingénierie et technologie
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Sciences de la vie et de la terre|Biologie générale;Ecologie générale;Techniques et méthodes
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agriculture;écologie;identification;insecte;prévention;production végétale;arbre;réglementation;enjeu;bactérie;biologie;entomologie;épidémiologie;modélisation;santé;climat;pathologie végétale;génétique;vin;gestion des risques
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<div>La question des crises sanitaires causées par des bioagresseurs envahissants est essentielle en agriculture. L’intensification des échanges internationaux depuis le début du XXe siècle a provoqué une augmentation du nombre d’introductions d’espèces exotiques. Les conséquences peuvent être dramatiques pour les cultures, comme le montrent le cas de la bactérie <i>Xylella fastidiosa</i> qui a ravagé les oliviers en Italie du Sud ou celui des scolytes du genre <i>Xylosandrus </i>qui menacent de nombreuses espèces d’arbres. Bien que les réglementations sanitaires nationale et internationale soient extrêmement strictes, elles ne parviennent pas toujours à éviter l’arrivée puis l’installation d’un nouveau bioagresseur.</div><div><br></div><div>Comment les invasions se produisent-elles ? Comment se propagent-elles ? Pourquoi sont-elles si fréquentes ? Quels sont les outils de détection et d’identification disponibles pour suivre ces populations et retracer leurs origines ? Quels modèles permettent d’analyser le risque, de le prévoir et d’optimiser la surveillance en conséquence ? Enfin, comment s’organise la société face à ces crises ?</div><div><br></div><div>Cet ouvrage s’appuie sur les travaux récents de chercheurs de renommée internationale en épidémiologie, en entomologie, en génétique et en modélisation. Il fait un point complet sur le sujet, afin de mieux comprendre la biologie des bioagresseurs envahissants, de venir en soutien des politiques de surveillance et de proposer des solutions lorsque la crise sanitaire est inévitable. Cette synthèse très complète s’adresse à un public professionnel, mais aussi à tout lecteur désireux de s’informer sur les crises sanitaires en agriculture.</div>
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<p>La question des crises sanitaires causées par des espèces invasives est essentielle en agriculture. Cette synthèse très complète permet de mieux comprendre la biologie des bioagresseurs envahissants, de venir en soutien des politiques de surveillance et de proposer des solutions lorsque la crise sanitaire est inévitable.<br></p>
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<p><b>Introduction : la vulnérabilité de l’agriculture face aux crises sanitaires</b></p><p><i>Christian Lannou</i></p><p>Émergences, invasions et crises sanitaires</p><p>La fabrique des émergences</p><p>Un système d’assurance qui ne tient plus</p><p>Réduire la vulnérabilité sanitaire des territoires agricoles</p><p>S’organiser face aux crises sanitaires</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 1. Biologie de l’invasion</b><br></p><p><b>1. L’anthropocène : l’ère des invasions biologiques et des crises phytosanitaires</b></p><p><i>Jean-Claude Streito et Guillaume Fried</i></p><p>Les différentes étapes du processus d’invasion</p><p>Pourquoi certaines populations deviennent-elles invasives ?</p><p>Conséquences sur les patrons d’invasion et leur évolution</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>2. Reconstruire les routes d’invasion biologique par des approches de génétique des populations</b></p><p><i>Arnaud Estoup et Éric Lombaert</i></p><p>Reconstruire les routes d’invasion pour aborder des questions appliquées et académiques</p><p>Des méthodes de reconstruction des routes d’invasion de plus en plus performantes</p><p>Illustrations au travers de l’étude de deux envahisseurs emblématiques</p><p>Que nous apprennent les routes d’invasion ?</p><p>Limites et perspectives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>3. Invasions et processus évolutifs</b></p><p><i>Benoit Facon, Ruth A. Hufbauer et Julien Foucaud</i></p><p>Le processus d’introduction : un facteur-clé du devenir évolutif des populations envahissantes</p><p>Invasions et changements adaptatifs : où, quand et comment ?</p><p>De l’étude de cas particuliers à la formalisation de scénarios d’invasion</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>4. Climat et invasions biologiques</b></p><p><i>Jean-Pierre Rossi</i></p><p>Qu’est-ce que le climat ?</p><p>Le changement climatique</p><p>Climat et aires de distributions potentielles</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>5. Les scolytes du genre <i>Xylosandrus </i>à la conquête de l’Europe</b></p><p><i>Teddy Urvois, Jean-Pierre Rossi, Charles Perrier, Alain Roques, Marie‑Anne Auger-Rozenberg et Carole Kerdelhué</i></p><p>Biologie des <i>Xyleborini </i>et risques d’invasion</p><p>Estimer l’aire de distribution potentielle sur la base des occurrences actuelles</p><p>Déterminer l’origine des populations invasives à l’aide de marqueurs moléculaires</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 2. Détecter l’arrivée des envahisseurs et anticiper les prochains</b></p><p><b>6. Importance de la systématique pour anticiper et gérer les crises sanitaires</b></p><p><i>Jean-Yves Rasplus, Raphaëlle Mouttet et Astrid Cruaud</i></p><p>La taxonomie, science hypothético-déductive</p><p>La taxonomie, le parent pauvre des sciences de la vie</p><p>Les outils moléculaires de détection et d’identification et leur nécessaire validation par des taxonomistes</p><p>Les taxonomistes doivent maîtriser les outils moléculaires et morphologiques de dernière génération</p><p>La surveillance future nécessite que la systématique ait un futur</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>7. Séquençage à haut débit pour la surveillance du territoire en santé des plantes</b></p><p><i>Astrid Cruaud et Jean-Yves Rasplus</i></p><p>De quels outils disposons-nous traditionnellement pour la surveillance du territoire ?</p><p>Que sont les technologies de séquençage à haut débit ?</p><p>Traitement bio-informatique des données et contrôles qualité</p><p>Les technologies de séquençage à haut débit : de la recherche à la surveillance du territoire</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>8. Utilisation d’approches phylogénétiques pour mieux comprendre et prédire le potentiel invasif des espèces</b></p><p><i>Gael J. Kergoat, Christine N. Meynard, Guillaume Fried et Emmanuelle Jousselin</i></p><p>Vers une meilleure prise en compte de la diversité intraspécifique dans la prédiction du risque d’invasion</p><p>Reconstruire l’histoire des espèces et de leurs caractéristiques biologiques pour prédire les invasions</p><p>Intégration des phylogénies pour l’étude du potentiel invasif à l’échelle des communautés</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>9. Anticiper les invasions et les détecter précocement</b></p><p><i>Alain Roques et Marie-Anne Auger-Rozenberg</i></p><p>Une détection très problématique des nouvelles arrivées</p><p>Les plantations sentinelles comme outil d’identification des envahisseurs potentiels</p><p>Le piégeage avec des attractifs à vocation générique pour une détection précoce des espèces envahissantes</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>10. Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?</b></p><p><i>Jean-Claude Streito, Julien Papaix, Marguerite Chartois, Christophe Botella, Éric Pierre, Jean-Marc Armand, Jonathan Gaudin et Jean-Pierre Rossi</i></p><p>Utilisation des sciences participatives pour la surveillance des espèces exotiques envahissantes</p><p>Sciences participatives : des moyens humains et d’analyse importants</p><p>Spécificité de l’analyse des données</p><p>Limites et perspectives des sciences participatives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 3. Surveiller, analyser et anticiper</b></p><p><b>11. Les invasions biologiques à la lumière des modèles</b><br></p><p><i>Lionel Roques et Samuel Soubeyrand</i></p><p>Propagation spatiale</p><p>Effet Allee et événements d’introduction</p><p>Modèles épidémiques de type SIR</p><p>Invasions adaptatives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>12. Surveillance à l’échelle des territoires</b></p><p><i>Sylvain Poggi, Gaël Thébaud, Leyli Borner et Davide Martinetti</i></p><p>Surveiller pour prévenir l’introduction d’une espèce invasive dans un territoire</p><p>Surveiller pour prévoir et limiter l’expansion d’une espèce envahissante</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>13. Des sentinelles sur les autoroutes aériennes d’agents phytopathogènes</b></p><p><i>Cindy E. Morris et Davide Martinetti</i></p><p>Une histoire déjà longue</p><p>Mécanismes impliqués dans la dissémination aérienne à longue distance</p><p>Modélisation de la DALD des agents phytopathogènes aéroportés</p><p>Surveillance des agents phytopathogènes fondée sur les trajectoires probables de dissémination aérienne</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>14. Décrypter l’émergence de <i>Xylella fastidiosa</i> en Europe et surveiller son expansion</b></p><p><i>Marie-Agnès Jacques, Samuel Soubeyrand et Enora Dupas</i></p><p>Comment une faiblesse biologique peut être une force épidémiologique</p><p><i>Xylella fastidiosa</i> : une espèce génétiquement diverse et une gamme d’hôtes démesurément grande</p><p>Une origine américaine pour <i>Xylella fastidiosa</i></p><p>Agrandissement de l’aire de distribution via des introductions multiples</p><p>Réglementation européenne et mesures de surveillance</p><p>Évaluation du risque d’expansion de <i>Xylella fastidiosa</i> en Europe</p><p>Impact économique des maladies dues à <i>Xylella fastidiosa</i></p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 4. S’organiser contre les crises sanitaires</b></p><p><b>15. L’économie des invasions biologiques : vers une hiérarchisation des stratégies de gestion</b><br></p><p><i>Pierre Courtois, Charles Figuières, César Martinez, Gaël Thébaud et Alban Thomas</i></p><p>Les coûts des invasions et des stratégies de gestion</p><p>Analyses coût-bénéfice et coût-efficacité</p><p>Quatre principaux arbitrages</p><p>Des outils de décision pour hiérarchiser les choix de gestion</p><p>Les enjeux de la gestion privée : inefficacité et coordination</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>16. Un cadre réglementaire pour commercer librement tout en maîtrisant les introductions d’envahisseurs</b></p><p><i>David Caffier</i></p><p>Un cadre réglementaire international pour limiter les risques d’introduction d’envahisseurs</p><p>Organismes nuisibles, végétaux et autres produits à réglementer</p><p>Les principales mesures en place pour lutter contre les foyers d’organismes réglementés</p><p>D’autres réglementations pour maîtriser les invasions biologiques</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>17. La surveillance active des menaces phytosanitaires émergentes : le défi de la mise en œuvre opérationnelle</b></p><p><i>Lucie Michel, Marie Grosdidier, Ismaël Houillon et Virginie Ravigné</i></p><p>Définir les menaces</p><p>Définir une stratégie d’échantillonnage</p><p>Mettre en place une organisation efficace</p><p>Gérer et exploiter les données</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>18. La prophylaxie pour gérer les crises sanitaires lorsqu’elles s’installent : vivre avec la flavescence dorée de la vigne</b></p><p><i>Sylvie Malembic-Maher, Xavier Foissac, Fiona Panziera et Marc Barbier</i></p><p>Émergence et installation de la flavescence dorée en Europe</p><p>Panorama sur la gestion de la flavescence dorée à l’échelle européenne</p><p>Fortes spécificités régionales des dispositifs d’épidémiosurveillance de la flavescence dorée en France</p><p>Approches d’expérimentations collectives et multidisciplinaires pour le « vivre avec »</p><p>De la gestion collective à la fabrique du consensus</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>19. Collaboration internationale contre les crises phytosanitaires : de la recherche aux normes</b></p><p><i>Baldissera Giovani, Sarah Brunel, Roger Day, Françoise Petter et Muriel Suffert</i></p><p>La coordination des activités de recherche en appui à la réglementation et aux activités de terrain</p><p>Renforcer les systèmes d’alerte et d’intervention contre les organismes nuisibles</p><p>Vers un réseau de laboratoires de diagnostic pour appuyer les pays dans l’identification des organismes nuisibles</p><p>Développer les compétences nationales par des collaborations internationales</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Conclusion générale</b></p><p><b>Glossaire</b></p><p><b>Liste des auteurs</b></p><div><br></div>
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Crises sanitaires en agriculture
Les espèces invasives sous surveillance
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agriculture;écologie;identification;insecte;prévention;production végétale;arbre;réglementation;enjeu;bactérie;biologie;entomologie;épidémiologie;modélisation;santé;climat;pathologie végétale;génétique;vin;gestion des risques
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<div>La question des crises sanitaires causées par des bioagresseurs envahissants est essentielle en agriculture. L’intensification des échanges internationaux depuis le début du XXe siècle a provoqué une augmentation du nombre d’introductions d’espèces exotiques. Les conséquences peuvent être dramatiques pour les cultures, comme le montrent le cas de la bactérie <i>Xylella fastidiosa</i> qui a ravagé les oliviers en Italie du Sud ou celui des scolytes du genre <i>Xylosandrus </i>qui menacent de nombreuses espèces d’arbres. Bien que les réglementations sanitaires nationale et internationale soient extrêmement strictes, elles ne parviennent pas toujours à éviter l’arrivée puis l’installation d’un nouveau bioagresseur.</div><div><br></div><div>Comment les invasions se produisent-elles ? Comment se propagent-elles ? Pourquoi sont-elles si fréquentes ? Quels sont les outils de détection et d’identification disponibles pour suivre ces populations et retracer leurs origines ? Quels modèles permettent d’analyser le risque, de le prévoir et d’optimiser la surveillance en conséquence ? Enfin, comment s’organise la société face à ces crises ?</div><div><br></div><div>Cet ouvrage s’appuie sur les travaux récents de chercheurs de renommée internationale en épidémiologie, en entomologie, en génétique et en modélisation. Il fait un point complet sur le sujet, afin de mieux comprendre la biologie des bioagresseurs envahissants, de venir en soutien des politiques de surveillance et de proposer des solutions lorsque la crise sanitaire est inévitable. Cette synthèse très complète s’adresse à un public professionnel, mais aussi à tout lecteur désireux de s’informer sur les crises sanitaires en agriculture.</div>
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<p>La question des crises sanitaires causées par des espèces invasives est essentielle en agriculture. Cette synthèse très complète permet de mieux comprendre la biologie des bioagresseurs envahissants, de venir en soutien des politiques de surveillance et de proposer des solutions lorsque la crise sanitaire est inévitable.<br></p>
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<p><b>Introduction : la vulnérabilité de l’agriculture face aux crises sanitaires</b></p><p><i>Christian Lannou</i></p><p>Émergences, invasions et crises sanitaires</p><p>La fabrique des émergences</p><p>Un système d’assurance qui ne tient plus</p><p>Réduire la vulnérabilité sanitaire des territoires agricoles</p><p>S’organiser face aux crises sanitaires</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 1. Biologie de l’invasion</b><br></p><p><b>1. L’anthropocène : l’ère des invasions biologiques et des crises phytosanitaires</b></p><p><i>Jean-Claude Streito et Guillaume Fried</i></p><p>Les différentes étapes du processus d’invasion</p><p>Pourquoi certaines populations deviennent-elles invasives ?</p><p>Conséquences sur les patrons d’invasion et leur évolution</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>2. Reconstruire les routes d’invasion biologique par des approches de génétique des populations</b></p><p><i>Arnaud Estoup et Éric Lombaert</i></p><p>Reconstruire les routes d’invasion pour aborder des questions appliquées et académiques</p><p>Des méthodes de reconstruction des routes d’invasion de plus en plus performantes</p><p>Illustrations au travers de l’étude de deux envahisseurs emblématiques</p><p>Que nous apprennent les routes d’invasion ?</p><p>Limites et perspectives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>3. Invasions et processus évolutifs</b></p><p><i>Benoit Facon, Ruth A. Hufbauer et Julien Foucaud</i></p><p>Le processus d’introduction : un facteur-clé du devenir évolutif des populations envahissantes</p><p>Invasions et changements adaptatifs : où, quand et comment ?</p><p>De l’étude de cas particuliers à la formalisation de scénarios d’invasion</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>4. Climat et invasions biologiques</b></p><p><i>Jean-Pierre Rossi</i></p><p>Qu’est-ce que le climat ?</p><p>Le changement climatique</p><p>Climat et aires de distributions potentielles</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>5. Les scolytes du genre <i>Xylosandrus </i>à la conquête de l’Europe</b></p><p><i>Teddy Urvois, Jean-Pierre Rossi, Charles Perrier, Alain Roques, Marie‑Anne Auger-Rozenberg et Carole Kerdelhué</i></p><p>Biologie des <i>Xyleborini </i>et risques d’invasion</p><p>Estimer l’aire de distribution potentielle sur la base des occurrences actuelles</p><p>Déterminer l’origine des populations invasives à l’aide de marqueurs moléculaires</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 2. Détecter l’arrivée des envahisseurs et anticiper les prochains</b></p><p><b>6. Importance de la systématique pour anticiper et gérer les crises sanitaires</b></p><p><i>Jean-Yves Rasplus, Raphaëlle Mouttet et Astrid Cruaud</i></p><p>La taxonomie, science hypothético-déductive</p><p>La taxonomie, le parent pauvre des sciences de la vie</p><p>Les outils moléculaires de détection et d’identification et leur nécessaire validation par des taxonomistes</p><p>Les taxonomistes doivent maîtriser les outils moléculaires et morphologiques de dernière génération</p><p>La surveillance future nécessite que la systématique ait un futur</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>7. Séquençage à haut débit pour la surveillance du territoire en santé des plantes</b></p><p><i>Astrid Cruaud et Jean-Yves Rasplus</i></p><p>De quels outils disposons-nous traditionnellement pour la surveillance du territoire ?</p><p>Que sont les technologies de séquençage à haut débit ?</p><p>Traitement bio-informatique des données et contrôles qualité</p><p>Les technologies de séquençage à haut débit : de la recherche à la surveillance du territoire</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>8. Utilisation d’approches phylogénétiques pour mieux comprendre et prédire le potentiel invasif des espèces</b></p><p><i>Gael J. Kergoat, Christine N. Meynard, Guillaume Fried et Emmanuelle Jousselin</i></p><p>Vers une meilleure prise en compte de la diversité intraspécifique dans la prédiction du risque d’invasion</p><p>Reconstruire l’histoire des espèces et de leurs caractéristiques biologiques pour prédire les invasions</p><p>Intégration des phylogénies pour l’étude du potentiel invasif à l’échelle des communautés</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>9. Anticiper les invasions et les détecter précocement</b></p><p><i>Alain Roques et Marie-Anne Auger-Rozenberg</i></p><p>Une détection très problématique des nouvelles arrivées</p><p>Les plantations sentinelles comme outil d’identification des envahisseurs potentiels</p><p>Le piégeage avec des attractifs à vocation générique pour une détection précoce des espèces envahissantes</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>10. Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?</b></p><p><i>Jean-Claude Streito, Julien Papaix, Marguerite Chartois, Christophe Botella, Éric Pierre, Jean-Marc Armand, Jonathan Gaudin et Jean-Pierre Rossi</i></p><p>Utilisation des sciences participatives pour la surveillance des espèces exotiques envahissantes</p><p>Sciences participatives : des moyens humains et d’analyse importants</p><p>Spécificité de l’analyse des données</p><p>Limites et perspectives des sciences participatives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 3. Surveiller, analyser et anticiper</b></p><p><b>11. Les invasions biologiques à la lumière des modèles</b><br></p><p><i>Lionel Roques et Samuel Soubeyrand</i></p><p>Propagation spatiale</p><p>Effet Allee et événements d’introduction</p><p>Modèles épidémiques de type SIR</p><p>Invasions adaptatives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>12. Surveillance à l’échelle des territoires</b></p><p><i>Sylvain Poggi, Gaël Thébaud, Leyli Borner et Davide Martinetti</i></p><p>Surveiller pour prévenir l’introduction d’une espèce invasive dans un territoire</p><p>Surveiller pour prévoir et limiter l’expansion d’une espèce envahissante</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>13. Des sentinelles sur les autoroutes aériennes d’agents phytopathogènes</b></p><p><i>Cindy E. Morris et Davide Martinetti</i></p><p>Une histoire déjà longue</p><p>Mécanismes impliqués dans la dissémination aérienne à longue distance</p><p>Modélisation de la DALD des agents phytopathogènes aéroportés</p><p>Surveillance des agents phytopathogènes fondée sur les trajectoires probables de dissémination aérienne</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>14. Décrypter l’émergence de <i>Xylella fastidiosa</i> en Europe et surveiller son expansion</b></p><p><i>Marie-Agnès Jacques, Samuel Soubeyrand et Enora Dupas</i></p><p>Comment une faiblesse biologique peut être une force épidémiologique</p><p><i>Xylella fastidiosa</i> : une espèce génétiquement diverse et une gamme d’hôtes démesurément grande</p><p>Une origine américaine pour <i>Xylella fastidiosa</i></p><p>Agrandissement de l’aire de distribution via des introductions multiples</p><p>Réglementation européenne et mesures de surveillance</p><p>Évaluation du risque d’expansion de <i>Xylella fastidiosa</i> en Europe</p><p>Impact économique des maladies dues à <i>Xylella fastidiosa</i></p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 4. S’organiser contre les crises sanitaires</b></p><p><b>15. L’économie des invasions biologiques : vers une hiérarchisation des stratégies de gestion</b><br></p><p><i>Pierre Courtois, Charles Figuières, César Martinez, Gaël Thébaud et Alban Thomas</i></p><p>Les coûts des invasions et des stratégies de gestion</p><p>Analyses coût-bénéfice et coût-efficacité</p><p>Quatre principaux arbitrages</p><p>Des outils de décision pour hiérarchiser les choix de gestion</p><p>Les enjeux de la gestion privée : inefficacité et coordination</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>16. Un cadre réglementaire pour commercer librement tout en maîtrisant les introductions d’envahisseurs</b></p><p><i>David Caffier</i></p><p>Un cadre réglementaire international pour limiter les risques d’introduction d’envahisseurs</p><p>Organismes nuisibles, végétaux et autres produits à réglementer</p><p>Les principales mesures en place pour lutter contre les foyers d’organismes réglementés</p><p>D’autres réglementations pour maîtriser les invasions biologiques</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>17. La surveillance active des menaces phytosanitaires émergentes : le défi de la mise en œuvre opérationnelle</b></p><p><i>Lucie Michel, Marie Grosdidier, Ismaël Houillon et Virginie Ravigné</i></p><p>Définir les menaces</p><p>Définir une stratégie d’échantillonnage</p><p>Mettre en place une organisation efficace</p><p>Gérer et exploiter les données</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>18. La prophylaxie pour gérer les crises sanitaires lorsqu’elles s’installent : vivre avec la flavescence dorée de la vigne</b></p><p><i>Sylvie Malembic-Maher, Xavier Foissac, Fiona Panziera et Marc Barbier</i></p><p>Émergence et installation de la flavescence dorée en Europe</p><p>Panorama sur la gestion de la flavescence dorée à l’échelle européenne</p><p>Fortes spécificités régionales des dispositifs d’épidémiosurveillance de la flavescence dorée en France</p><p>Approches d’expérimentations collectives et multidisciplinaires pour le « vivre avec »</p><p>De la gestion collective à la fabrique du consensus</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>19. Collaboration internationale contre les crises phytosanitaires : de la recherche aux normes</b></p><p><i>Baldissera Giovani, Sarah Brunel, Roger Day, Françoise Petter et Muriel Suffert</i></p><p>La coordination des activités de recherche en appui à la réglementation et aux activités de terrain</p><p>Renforcer les systèmes d’alerte et d’intervention contre les organismes nuisibles</p><p>Vers un réseau de laboratoires de diagnostic pour appuyer les pays dans l’identification des organismes nuisibles</p><p>Développer les compétences nationales par des collaborations internationales</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Conclusion générale</b></p><p><b>Glossaire</b></p><p><b>Liste des auteurs</b></p><div><br></div>
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Crises sanitaires en agriculture
Les espèces invasives sous surveillance
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Savoir faire
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Crises sanitaires en agriculture
Les espèces invasives sous surveillance
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A2284
Christian Lannou
Lannou, Christian
Christian
Lannou
<p><font face="Arial"><span style="font-size: 16px;">Christian Lannou, épidémiologiste dans le domaine de la santé des cultures, est directeur de recherche et a été responsable du département Santé des plantes et environnement d’INRAE.</span></font><br></p>
2
B15
01
A1524
Jean-Yves Rasplus
Rasplus, Jean-Yves
Jean-Yves
Rasplus
Jean-Yves Rasplus, entomologiste, biologiste des populations, phylogénéticien et systématicien, est directeur de recherche à INRAE au Centre de biologie pour la gestion des populations
3
B15
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A2503
Samuel Soubeyrand
Soubeyrand, Samuel
Samuel
Soubeyrand
<p>Samuel Soubeyrand, biostatisticien, est directeur de recherche de l’unité Biostatistique et processus spatiaux à INRAE et chef adjoint du département Santé des plantes et environnement<br></p>
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B15
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A2504
Mathieu Gautier
Gautier, Mathieu
Mathieu
Gautier
<p>Mathieu Gautier, chercheur en génomique statistique et évolutive des populations, est directeur de recherche à INRAE au Centre de biologie pour la gestion des populations.<br></p>
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A2505
Jean-Pierre Rossi
Rossi, Jean-Pierre
Jean-Pierre
Rossi
<p>Jean-Pierre Rossi, écologue, est directeur de recherche à INRAE au Centre de biologie pour la gestion des populations.<br></p>
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fre
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Izibook:Subject
Milieux naturels et environnement
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Agriculture et productions végétales
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Sciences sociales, politiques, économiques
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Sciences de la vie et de la terre
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Eaux continentales;Biodiversité, flores et faunes
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Milieux naturels et environnement|Eaux continentales;Biodiversité, flores et faunes
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Agriculture et productions végétales|Agronomie et systèmes de culture;Variétés et amélioration;Santé des plantes;Ingénierie et technologie
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Sciences sociales, politiques, économiques|Réglementation, législation;Politiques. Expertise;Développement, développement durable;Economie, conseil et gestion
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Sciences de la vie et de la terre|Biologie générale;Ecologie générale;Techniques et méthodes
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agriculture;écologie;identification;insecte;prévention;production végétale;arbre;réglementation;enjeu;bactérie;biologie;entomologie;épidémiologie;modélisation;santé;climat;pathologie végétale;génétique;vin;gestion des risques
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577.18
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614.4
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<div>La question des crises sanitaires causées par des bioagresseurs envahissants est essentielle en agriculture. L’intensification des échanges internationaux depuis le début du XXe siècle a provoqué une augmentation du nombre d’introductions d’espèces exotiques. Les conséquences peuvent être dramatiques pour les cultures, comme le montrent le cas de la bactérie <i>Xylella fastidiosa</i> qui a ravagé les oliviers en Italie du Sud ou celui des scolytes du genre <i>Xylosandrus </i>qui menacent de nombreuses espèces d’arbres. Bien que les réglementations sanitaires nationale et internationale soient extrêmement strictes, elles ne parviennent pas toujours à éviter l’arrivée puis l’installation d’un nouveau bioagresseur.</div><div><br></div><div>Comment les invasions se produisent-elles ? Comment se propagent-elles ? Pourquoi sont-elles si fréquentes ? Quels sont les outils de détection et d’identification disponibles pour suivre ces populations et retracer leurs origines ? Quels modèles permettent d’analyser le risque, de le prévoir et d’optimiser la surveillance en conséquence ? Enfin, comment s’organise la société face à ces crises ?</div><div><br></div><div>Cet ouvrage s’appuie sur les travaux récents de chercheurs de renommée internationale en épidémiologie, en entomologie, en génétique et en modélisation. Il fait un point complet sur le sujet, afin de mieux comprendre la biologie des bioagresseurs envahissants, de venir en soutien des politiques de surveillance et de proposer des solutions lorsque la crise sanitaire est inévitable. Cette synthèse très complète s’adresse à un public professionnel, mais aussi à tout lecteur désireux de s’informer sur les crises sanitaires en agriculture.</div>
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<p>La question des crises sanitaires causées par des espèces invasives est essentielle en agriculture. Cette synthèse très complète permet de mieux comprendre la biologie des bioagresseurs envahissants, de venir en soutien des politiques de surveillance et de proposer des solutions lorsque la crise sanitaire est inévitable.<br></p>
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<p><b>Introduction : la vulnérabilité de l’agriculture face aux crises sanitaires</b></p><p><i>Christian Lannou</i></p><p>Émergences, invasions et crises sanitaires</p><p>La fabrique des émergences</p><p>Un système d’assurance qui ne tient plus</p><p>Réduire la vulnérabilité sanitaire des territoires agricoles</p><p>S’organiser face aux crises sanitaires</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 1. Biologie de l’invasion</b><br></p><p><b>1. L’anthropocène : l’ère des invasions biologiques et des crises phytosanitaires</b></p><p><i>Jean-Claude Streito et Guillaume Fried</i></p><p>Les différentes étapes du processus d’invasion</p><p>Pourquoi certaines populations deviennent-elles invasives ?</p><p>Conséquences sur les patrons d’invasion et leur évolution</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>2. Reconstruire les routes d’invasion biologique par des approches de génétique des populations</b></p><p><i>Arnaud Estoup et Éric Lombaert</i></p><p>Reconstruire les routes d’invasion pour aborder des questions appliquées et académiques</p><p>Des méthodes de reconstruction des routes d’invasion de plus en plus performantes</p><p>Illustrations au travers de l’étude de deux envahisseurs emblématiques</p><p>Que nous apprennent les routes d’invasion ?</p><p>Limites et perspectives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>3. Invasions et processus évolutifs</b></p><p><i>Benoit Facon, Ruth A. Hufbauer et Julien Foucaud</i></p><p>Le processus d’introduction : un facteur-clé du devenir évolutif des populations envahissantes</p><p>Invasions et changements adaptatifs : où, quand et comment ?</p><p>De l’étude de cas particuliers à la formalisation de scénarios d’invasion</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>4. Climat et invasions biologiques</b></p><p><i>Jean-Pierre Rossi</i></p><p>Qu’est-ce que le climat ?</p><p>Le changement climatique</p><p>Climat et aires de distributions potentielles</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>5. Les scolytes du genre <i>Xylosandrus </i>à la conquête de l’Europe</b></p><p><i>Teddy Urvois, Jean-Pierre Rossi, Charles Perrier, Alain Roques, Marie‑Anne Auger-Rozenberg et Carole Kerdelhué</i></p><p>Biologie des <i>Xyleborini </i>et risques d’invasion</p><p>Estimer l’aire de distribution potentielle sur la base des occurrences actuelles</p><p>Déterminer l’origine des populations invasives à l’aide de marqueurs moléculaires</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 2. Détecter l’arrivée des envahisseurs et anticiper les prochains</b></p><p><b>6. Importance de la systématique pour anticiper et gérer les crises sanitaires</b></p><p><i>Jean-Yves Rasplus, Raphaëlle Mouttet et Astrid Cruaud</i></p><p>La taxonomie, science hypothético-déductive</p><p>La taxonomie, le parent pauvre des sciences de la vie</p><p>Les outils moléculaires de détection et d’identification et leur nécessaire validation par des taxonomistes</p><p>Les taxonomistes doivent maîtriser les outils moléculaires et morphologiques de dernière génération</p><p>La surveillance future nécessite que la systématique ait un futur</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>7. Séquençage à haut débit pour la surveillance du territoire en santé des plantes</b></p><p><i>Astrid Cruaud et Jean-Yves Rasplus</i></p><p>De quels outils disposons-nous traditionnellement pour la surveillance du territoire ?</p><p>Que sont les technologies de séquençage à haut débit ?</p><p>Traitement bio-informatique des données et contrôles qualité</p><p>Les technologies de séquençage à haut débit : de la recherche à la surveillance du territoire</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>8. Utilisation d’approches phylogénétiques pour mieux comprendre et prédire le potentiel invasif des espèces</b></p><p><i>Gael J. Kergoat, Christine N. Meynard, Guillaume Fried et Emmanuelle Jousselin</i></p><p>Vers une meilleure prise en compte de la diversité intraspécifique dans la prédiction du risque d’invasion</p><p>Reconstruire l’histoire des espèces et de leurs caractéristiques biologiques pour prédire les invasions</p><p>Intégration des phylogénies pour l’étude du potentiel invasif à l’échelle des communautés</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>9. Anticiper les invasions et les détecter précocement</b></p><p><i>Alain Roques et Marie-Anne Auger-Rozenberg</i></p><p>Une détection très problématique des nouvelles arrivées</p><p>Les plantations sentinelles comme outil d’identification des envahisseurs potentiels</p><p>Le piégeage avec des attractifs à vocation générique pour une détection précoce des espèces envahissantes</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>10. Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?</b></p><p><i>Jean-Claude Streito, Julien Papaix, Marguerite Chartois, Christophe Botella, Éric Pierre, Jean-Marc Armand, Jonathan Gaudin et Jean-Pierre Rossi</i></p><p>Utilisation des sciences participatives pour la surveillance des espèces exotiques envahissantes</p><p>Sciences participatives : des moyens humains et d’analyse importants</p><p>Spécificité de l’analyse des données</p><p>Limites et perspectives des sciences participatives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 3. Surveiller, analyser et anticiper</b></p><p><b>11. Les invasions biologiques à la lumière des modèles</b><br></p><p><i>Lionel Roques et Samuel Soubeyrand</i></p><p>Propagation spatiale</p><p>Effet Allee et événements d’introduction</p><p>Modèles épidémiques de type SIR</p><p>Invasions adaptatives</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>12. Surveillance à l’échelle des territoires</b></p><p><i>Sylvain Poggi, Gaël Thébaud, Leyli Borner et Davide Martinetti</i></p><p>Surveiller pour prévenir l’introduction d’une espèce invasive dans un territoire</p><p>Surveiller pour prévoir et limiter l’expansion d’une espèce envahissante</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>13. Des sentinelles sur les autoroutes aériennes d’agents phytopathogènes</b></p><p><i>Cindy E. Morris et Davide Martinetti</i></p><p>Une histoire déjà longue</p><p>Mécanismes impliqués dans la dissémination aérienne à longue distance</p><p>Modélisation de la DALD des agents phytopathogènes aéroportés</p><p>Surveillance des agents phytopathogènes fondée sur les trajectoires probables de dissémination aérienne</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>14. Décrypter l’émergence de <i>Xylella fastidiosa</i> en Europe et surveiller son expansion</b></p><p><i>Marie-Agnès Jacques, Samuel Soubeyrand et Enora Dupas</i></p><p>Comment une faiblesse biologique peut être une force épidémiologique</p><p><i>Xylella fastidiosa</i> : une espèce génétiquement diverse et une gamme d’hôtes démesurément grande</p><p>Une origine américaine pour <i>Xylella fastidiosa</i></p><p>Agrandissement de l’aire de distribution via des introductions multiples</p><p>Réglementation européenne et mesures de surveillance</p><p>Évaluation du risque d’expansion de <i>Xylella fastidiosa</i> en Europe</p><p>Impact économique des maladies dues à <i>Xylella fastidiosa</i></p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Partie 4. S’organiser contre les crises sanitaires</b></p><p><b>15. L’économie des invasions biologiques : vers une hiérarchisation des stratégies de gestion</b><br></p><p><i>Pierre Courtois, Charles Figuières, César Martinez, Gaël Thébaud et Alban Thomas</i></p><p>Les coûts des invasions et des stratégies de gestion</p><p>Analyses coût-bénéfice et coût-efficacité</p><p>Quatre principaux arbitrages</p><p>Des outils de décision pour hiérarchiser les choix de gestion</p><p>Les enjeux de la gestion privée : inefficacité et coordination</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>16. Un cadre réglementaire pour commercer librement tout en maîtrisant les introductions d’envahisseurs</b></p><p><i>David Caffier</i></p><p>Un cadre réglementaire international pour limiter les risques d’introduction d’envahisseurs</p><p>Organismes nuisibles, végétaux et autres produits à réglementer</p><p>Les principales mesures en place pour lutter contre les foyers d’organismes réglementés</p><p>D’autres réglementations pour maîtriser les invasions biologiques</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>17. La surveillance active des menaces phytosanitaires émergentes : le défi de la mise en œuvre opérationnelle</b></p><p><i>Lucie Michel, Marie Grosdidier, Ismaël Houillon et Virginie Ravigné</i></p><p>Définir les menaces</p><p>Définir une stratégie d’échantillonnage</p><p>Mettre en place une organisation efficace</p><p>Gérer et exploiter les données</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>18. La prophylaxie pour gérer les crises sanitaires lorsqu’elles s’installent : vivre avec la flavescence dorée de la vigne</b></p><p><i>Sylvie Malembic-Maher, Xavier Foissac, Fiona Panziera et Marc Barbier</i></p><p>Émergence et installation de la flavescence dorée en Europe</p><p>Panorama sur la gestion de la flavescence dorée à l’échelle européenne</p><p>Fortes spécificités régionales des dispositifs d’épidémiosurveillance de la flavescence dorée en France</p><p>Approches d’expérimentations collectives et multidisciplinaires pour le « vivre avec »</p><p>De la gestion collective à la fabrique du consensus</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>19. Collaboration internationale contre les crises phytosanitaires : de la recherche aux normes</b></p><p><i>Baldissera Giovani, Sarah Brunel, Roger Day, Françoise Petter et Muriel Suffert</i></p><p>La coordination des activités de recherche en appui à la réglementation et aux activités de terrain</p><p>Renforcer les systèmes d’alerte et d’intervention contre les organismes nuisibles</p><p>Vers un réseau de laboratoires de diagnostic pour appuyer les pays dans l’identification des organismes nuisibles</p><p>Développer les compétences nationales par des collaborations internationales</p><p>Conclusion</p><p>Références bibliographiques</p><p><b><br></b></p><p><b>Conclusion générale</b></p><p><b>Glossaire</b></p><p><b>Liste des auteurs</b></p><div><br></div>
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