Stéphan Jacquet est actuellement directeur de recherches à l’Inra de Thonon-les-Bains et responsable scientifique du suivi environnemental du lac du Bourget depuis 2006. Son travail porte plus spécifiquement sur l’écologie des micro-organismes aquatiques (virus, bactéries et phytoplancton). Il est également vice-président de l’Association française de limnologie depuis 2009 et a organisé à ce titre, en 2010, les « Journées internationales de limnologie » à Thonon-les-Bains.