Énarque, Jean-François Théry est membre du Conseil d'État et ancien président du Comepra (1998-2007). Il a été, entre autres, directeur au ministère de la Recherche et de la Technologie (1981-1987), président de la section du rapport et des études du Conseil d’État (1996-2000), membre du Comité national d’évaluation de la recherche (1989-1996).