Présentation
Les espèces migratrices amphihalines — saumons, anguilles, esturgeons, lamproies et autres — sont des espèces qui parcourent alternativement les milieux marins et continentaux. Elles jouent aussi le rôle d’indicateurs clés des déséquilibres écologiques. Pourtant, ces espèces emblématiques, présentes sur tout le territoire français, subissent aujourd’hui de multiples pressions : fragmentation des habitats, changements climatiques et activités humaines. Leur déclin préoccupant a conduit à leur inscription sur les listes des conventions internationales et à l’adoption de réglementations strictes pour leur protection.
Face à ces enjeux, le pôle MIAME (Migrateurs Amphihalins dans leur Environnement) agit en étroite collaboration avec les acteurs de la biodiversité, de la préservation et de la restauration des milieux naturels. Son objectif ? Anticiper et répondre aux défis liés à la gestion de ces espèces, en développant des actions concrètes pour préserver leur biodiversité unique et les écosystèmes qui les abritent.
Ce numéro spécial de Science Eaux & Territoires rassemble les travaux menés entre 2019 et 2024 par le pôle MIAME. À travers trois axes majeurs — l’évaluation des populations, l’analyse des impacts anthropiques et l’expertise pour la conservation — les auteurs dressent un état des lieux des connaissances et des innovations pour préserver ces espèces et leurs écosystèmes. Des outils moléculaires aux modèles prédictifs, en passant par la télémétrie et l’ADN environnemental, les recherches présentées ici éclairent les défis de la gestion durable des migrateurs amphihalins.
Le pôle MIAME est né d’une collaboration historique de plus de 50 ans entre l’INRA, l’ONEMA (devenu OFB). Officiellement créé en 2019, il fédère quatre établissements partenaires : OFB, INRAE, L’Institut Agro et l’Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA).
Sommaire
Le pôle pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME) – Bilan d'activité 2019-2024.
Jean-Marc Roussel, Marie-Laure Acolas, Anthony Acou, Guillaume Evanno, Quentin Josset, Karl Kreutzenberger, Frédéric Marchand, Étienne Prévost, Étienne Rivot, Laurent Beaulaton
Poissons migrateurs amphihalins, espèces diadromes : de quoi parle-t-on ?
Éric Rochard, Patrick Lambert, Géraldine Lassalle
Développement d’un marqueur moléculaire pour l’identification des lamproies au stade juvénile.
Ahmed Souissi, Anne-Laure Besnard, Guillaume Evanno
Construction d’un modèle d’estimation du nombre de lamproies sur frayère en utilisant un simple comptage de nids.
Marius Dhamelincourt, Cédric Tentelier, Laurent Beaulaton
Automatisation de l’analyse de données des caméras acoustiques par un réseau de neurones convolutifs.
François Martignac, Guglielmo Fernandez-Garcia, Thomas Corpetti, Marie Nevoux, Laurent Beaulaton
Peut-on utiliser l’ADN environnemental pour le suivi quantitatif des populations de poissons migrateurs ?
Erwan Quéméré, Zoé Raphalen, Anne-Laure Besnard, Marine Vautier, Natacha Nikolic
Microchimie comparative des otolithes et des écailles de saumon Atlantique (Salmo salar).
Matthias Vignon, Gilles Bareille, Christophe Peycheran, Hélène Tabouret
Synthèses sur l’état des populations, des pressions et des modalités de gestion des poissons migrateurs amphihalins en France : aloses, lamproies, saumon et truite de mer.
Guirec André, Pierre-Marie Chapon, Maud Charles, Yohann Clermont-Ledez, Omar Diouach, Noémie Guillerme, Quentin Josset, Sophie Launey, Marion Legrand, Marie Nevoux, Coralie Sauvadet, Laurent Beaulaton
Pour une meilleure connaissance des espèces amphihalines : la mise en place de suivis de la pêche récréative et professionnelle du saumon (Salmo salar), de la truite de mer (Salmo trutta) et de l’anguille (Anguilla anguilla).
Clarisse Boulenger, Guirec André, Adly Koubaa, Cécile Tréhin, Sophie Launey, Anne-Laure Besnard, Marie Nevoux, Élise Gauteur, Laurent Beaulaton, Frédéric Marchand
Le projet PastSatAb pour reconstruire des séries temporelles d’abondance et de taux d’exploitation du saumon atlantique en France.
Clément Lebot, Étienne Rivot, Marie Nevoux, Étienne Prévost, Mathieu Buoro, Guirec André, Laurent Beaulaton
La photogrammétrie subaquatique pour l’étude des habitats en cours d’eau
Guillaume Forget, Alan Bazin, Karl Kreutzenberger, Émilien Lasne, Jean-Marc Roussel, Alain Crave, Olivier Dézerald
Combiner la télémétrie et le biologging pour étudier la réponse écophysiologique des poissons migrateurs aux pressions d’origine anthropique.
Émilien Lasne, Guillaume Forget, Mathieu Anfray, Théo Chaubet, Kevin Deroyer, Armand Michelot, Julien Tremblay, François Martignac
SalmoGlob – Un nouveau modèle pour l’évaluation des stocks de saumon atlantique à l’échelle de l’Atlantique Nord.
Étienne Rivot, Maxime Olmos, Rémi Lemaire-Patin, Pierre-Yves Hernvann, Marie Nevoux, Étienne Prévost, Mathieu Buoro, Laurent Beaulaton
Rénovation de la gestion du saumon en Bretagne : le projet RENOSAUM.
Étienne Prévost, Clément Lebot, Laurent Beaulaton, Marie-Andrée Arago, Gaëlle Leprévost, Marie Nevoux, Étienne Rivot
Expertise sur les populations d’aloses et de lamproies.
Marius Dhamelincourt, Maud Charles, Catherine Boisneau, Françoise Daverat, Guillaume Evanno, Patrick Lambert, Émilien Lasne, Sophie Launey, Céline Le Pichon, Cédric Tentelier, Laurent Beaulaton
Programme MigrenMer : synthèse et valorisation des connaissances disponibles sur les migrateurs amphihalins en mer.
Gaspard Dubost, Sophie Elliott, Anthony Acou, Laurent Beaulaton, Vincent Toison, Étienne Rivot
Genèse d’un suivi scientifique à long terme pour documenter les transitions écologiques et territoriales accompagnant l’effacement de grands barrages en France.
Laura Soissons, Marie-Anne Germaine, Manuel Chevé, Karl Kreutzenberger, Laurent Beaulaton, Jean-Marc Roussel
