Principles of Using Tools

by Denis Tagu (editorial coordination), Jean-Loup Risler (editorial coordination)
Collection: Savoir faire
august 2010
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At the interface between biology and computer science, bioinformatics and its tools are now part of the "landscape" of laboratories interested in any way whatsoever in the structure, operation and evolution of genomes. Everyone involved now finds it necessary to use tools for analysing, storing and visualising nucleic acid and amino acid sequences. This book will assist in understanding bioinformatics tools and their operating principles better, thereby allowing reasoned use of them.

Table of contents



Fiche 1. Bio-informatique et bio-analyse : définitions
Fiche 2. Quelques généralités sur les gènes et les génomes
Banques et bases de données en biologie
Fiche 3. Introduction
Fiche 4. Banques généralistes
Fiche 5. Bases de données spécialisées de génomes complets
Fiche 6. Bases de données dédiées aux expériences à grande échelle
Fiche 7. Bases de données dédiées à des familles de séquences
Fiche 8. Généralités sur les outils de recherche, d'analyse et de visualisation
Fiche 9. Outils d’interrogation de données : databank browsers
Fiche 10. Outils de navigation génomique : genome browsers
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Alignement des séquences
Fiche 11. Principes
Fiche 12. Alignements graphiques et programmation dynamique
Fiche 13. BLAST
Fiche 14. Statistiques de BLAST et E-value
Fiche 15. Pièges de BLAST
Fiche 16. Filtrage des séquences et recherche de motifs avec BLAST
Fiche 17. Différentes variantes de BLAST
Fiche 18. FASTA
Fiche 19. Introduction à l’alignement multiple
Fiche 20. Principales méthodes d’alignement multiple
Fiche 21. Alignement multiple : ClustalW
Fiche 22. Alignement multiple : ClustalW en ligne de commande
Fiche 23. Alignement multiple : DIALIGN
Fiche 24. Alignement multiple : T-Coffee
Fiche 25. Alignement multiple : MUSCLE
Fiche 26. Alignement multiple : MAFFT
Fiche 27. Choix d’un logiciel d’alignement multiple
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Domaines protéiques
Fiche 28. Domaines, modules ou motifs protéiques et leurs bases de données
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Reconstruction phylogénétique
Fiche 29. Introduction
Fiche 30. Méthodes basées sur les matrices de distances
Fiche 31. Méthodes basées sur le principe de parcimonie
Fiche 32. Méthodes basées sur le maximum de vraisemblance
Fiche 33. Estimation de la robustesse
Fiche 34. Choix d’une méthode
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Annotation des génomes
Fiche 35. Introduction
Fiche 36. Prédiction des séquences codantes et chaînes de Markov
Fiche 37. Annotation structurale, ou syntaxique
Fiche 38. Introduction à l’annotation fonctionnelle
Fiche 39. Limites de l’annotation des génomes
Fiche 40. Introduction à l’annotation fonctionnelle in silico
Fiche 41. Annotation fonctionnelle in silico  par recherche d’homologies
Fiche 42. Annotation fonctionnelle in silico : alignement de paires de séquences
Fiche 43. Annotation fonctionnelle in silico : alignement multiple de séquences
Fiche 44. Annotation fonctionnelle in silico : méthodes de reconnaissance par repliements
Fiche 45. Annotation fonctionnelle in silico : conservation de la fonction et similarité de séquences
Fiche 46. Annotation fonctionnelle in silico : propriétés intrinsèques des séquences
Fiche 47. Annotation fonctionnelle in silico : exploitation du contexte des gènes
Fiche 48. Conclusions sur l’annotation fonctionnelle in silico
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Comparaison des génomes
Fiche 49. Introduction
Fiche 50. Événements de spéciation et de duplication
Fiche 51. Orthologie et paralogie
Fiche 52. Processus de comparaison des génomes
Fiche 53. Classification des espèces tenant compte de leur contenu génétique
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Analyse du transcriptome
Fiche 54. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN
Fiche 55. Introduction à l’analyse statistique des expériences sur le transcriptome
Fiche 56. Méthodes de l’analyse statistique des expériences sur le transcriptome
Fiche 57. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : signification statistique
Fiche 58. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : représentations graphiques
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Coordonnées des auteurs


More contents


Language(s): French

Publisher: Éditions Quae

Edition: 1st edition

Collection: Savoir faire

Published: 17 august 2010

Reference Book: 02208

Reference eBook [ePub]: 02208EPB

Reference eBook [PDF]: 02208NUM

EAN13 Book: 9782759208708

EAN13 eBook [ePub]: 9782759211159

EAN13 eBook [PDF]: 9782759208715

Interior: Two-colour

Format (in mm) Book: [NR]

Pages count Book: 280

Pages count eBook [PDF]: 280

Weight (in grammes): 505

Size: 13 Mo (ePub), 72 Mo (PDF)


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