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Metagenomics

Developments and Future Applications

by Marie Christine Champomier-Vergès (editorial coordination), Monique Zagorec (editorial coordination)
Collection: Savoir faire
february 2015
116 pages In stock
27,00 €
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Summary

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Metagenomics has followed the genomics era and invaded the domain of biology. Studying the genetic content of a sample from a complex environment (intestine, ocean, soils, air, etc.) found in Nature (as opposed to samples cultivated in a laboratory), it produces vast quantities of data very quickly that require considerable computer processing to draw out the information. The aim of this work is to enlighten non-specialist scientific professionals on the possibilities offered by this tool to explore the various domains of agriculture, environment, food-processing and health by analysing living organisms.

Table of contents

Avant-propos

 

Chapitre 1. Techniques et matériels pour la production des données brutes de séquençage métagénomique

Introduction

Design expérimental et échantillonnage

Préparation des échantillons et extraction des acides nucléiques

Le séquençage à haut débit

Les banques de clones d’ADN métagénomique

Conclusion

Références bibliographiques

 

Chapitre 2. Analyse des données, logiciels, transformation des data en information, utilisation et modélisation des données

Introduction

Assemblage

Assignation taxonomique

Classification non supervisée

Prédiction de parties codantes

Analyse fonctionnelle

Intégration des outils

Références bibliographiques

 

Chapitre 3. Découverte de nouvelles fonctions et familles protéiques : nouveaux défis pour les biotechnologies et l’écologie microbienne

Introduction

Stratégies d’échantillonnage

Le criblage fonctionnel : nouveaux défis pour la découverte de fonctions

Conclusion

Références bibliographiques

 

Chapitre 4. Microbiote intestinal et typage

Introduction

Métagénome du microbiote intestinal humain

Dysfonctions du microbiome intestinal et pathologies

Conclusion

Références bibliographiques

 

Chapitre 5. Communautés microbiennes des aliments

Introduction

Les techniques à haut débit ciblées pour approfondir la connaissance des communautés microbiennes des aliments

Exemples d’études métagénomiques sur des aliments

Conclusion et perspectives

Références bibliographiques

 

Chapitre 6. Microbiome du sol

Introduction

Exploration et exploitation des ressources génétiques de sols modèles

Biogéographie et gestion des communautés microbiennes des sols

Conclusion et perspectives

Références bibliographiques

 

Chapitre 7. Métagénomique environnementale

Des gènes aux génomes

Communautés microbiennes complexes

L’exemple des écosystèmes arséniés

Conclusion et perspectives

Références bibliographiques

 

Chapitre 8. Microbiomes de la phyllosphère

Introduction

La phyllosphère, un habitat extrême pour les micro-organismes

Premières études métagénomiques

Une mine de données génomiques à explorer

Limites de l’approche métagénomique

Promesses de l’étude métagénomique des microbiomes de phyllosphère

Références bibliographiques

 

Synthèse et perspectives

L’apport de l’évolution de la technologie de séquençage

La caractérisation des écosystèmes de domaines très variés

Les différentes facettes de l’exploration du vivant par la métagénomique

Les limites de la métagénomique

Les défis futurs

 

Liste des auteurs

Press

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Features

Language(s): French

Publisher: Éditions Quae

Edition: 1st edition

Collection: Savoir faire

Published: 6 february 2015

Reference Book: 02474

Reference eBook [ePub]: 02474EPB

Reference eBook [PDF]: 02474NUM

EAN13 Book: 9782759222933

EAN13 eBook [ePub]: 9782759222957

EAN13 eBook [PDF]: 9782759222940

Interior: Black & white

Format (in mm) Book:

Pages count Book: 116

Pages count eBook [PDF]: 116

Weight (in grammes): 228

Onix format

Size: 1.65 MB (ePub), 2.27 MB (PDF)

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