La métagénomique

Avant-propos

Chapitre 1. Techniques et matériels pour la production des données brutes de séquençage métagénomique

Introduction

Design expérimental et échantillonnage

Préparation des échantillons et extraction des acides nucléiques

Le séquençage à haut débit

Les banques de clones d’ADN métagénomique

Conclusion

Références bibliographiques

Chapitre 2. Analyse des données, logiciels, transformation des data en information, utilisation et modélisation des données

Introduction

Assemblage

Assignation taxonomique

Classification non supervisée

Prédiction de parties codantes

Analyse fonctionnelle

Intégration des outils

Références bibliographiques

Chapitre 3. Découverte de nouvelles fonctions et familles protéiques : nouveaux défis pour les biotechnologies et l’écologie microbienne

Introduction

Stratégies d’échantillonnage

Le criblage fonctionnel : nouveaux défis pour la découverte de fonctions

Conclusion

Références bibliographiques

Chapitre 4. Microbiote intestinal et typage

Introduction

Métagénome du microbiote intestinal humain

Dysfonctions du microbiome intestinal et pathologies

Conclusion

Références bibliographiques

Chapitre 5. Communautés microbiennes des aliments

Introduction

Les techniques à haut débit ciblées pour approfondir la connaissance des communautés microbiennes des aliments

Exemples d’études métagénomiques sur des aliments

Conclusion et perspectives

Références bibliographiques

Chapitre 6. Microbiome du sol

Introduction

Exploration et exploitation des ressources génétiques de sols modèles

Biogéographie et gestion des communautés microbiennes des sols

Conclusion et perspectives

Références bibliographiques

Chapitre 7. Métagénomique environnementale

Des gènes aux génomes

Communautés microbiennes complexes

L’exemple des écosystèmes arséniés

Conclusion et perspectives

Références bibliographiques

Chapitre 8. Microbiomes de la phyllosphère

Introduction

La phyllosphère, un habitat extrême pour les micro-organismes

Premières études métagénomiques

Une mine de données génomiques à explorer

Limites de l’approche métagénomique

Promesses de l’étude métagénomique des microbiomes de phyllosphère

Références bibliographiques

Synthèse et perspectives

L’apport de l’évolution de la technologie de séquençage

La caractérisation des écosystèmes de domaines très variés

Les différentes facettes de l’exploration du vivant par la métagénomique

Les limites de la métagénomique

Les défis futurs

Liste des auteurs